Quando i monaci abbandonarono la struttura, essa non fu propriamente lasciata a se stessa, infatti, sino al termine del secondo conflitto mondiale furono molteplici i suoi usi.La struttura, dopo la distruzione della prima certosa, fu ricostruita in un terreno donato dal vescovo nei pressi del fiume Brenta; la costruzione dell’opera durò dal 1534 al 1560 sotto la direzione degli architetti Moroni A. e da Valle A., molto famosi all’epoca.
Questa si presentava enorme, imponente e rappresentava il centro della cultura della zona, però aveva l’unico difetto di non avere abbastanza monaci, motivo per il quale ne fu decretata la chiusura nel 1768 e i suoi beni furono acquisiti dallo Stato.
Il monastero, qualche anno dopo, passò in potere a tale A. Z., che ne fece una corte di campagna e un casale contadino, senza intaccare però la struttura monastica e aggiungendo ali nobiliari e magazzini agricoli.
