A causa della caduta di alcune congregazioni di frati, il monastero è passato attraverso numerose assegnazioni a nuovi ordini, soprattutto nel XV secolo; tali rassegnazioni lo hanno però depauperato di importanza e di ricchezza facendolo diventare mira dell’esproprio nazionale avvenuto nel XVI secolo a danno degli edifici religiosi della Spagna.Dopo la confisca il monastero fu abbandonato anche se i riti religiosi, grazie alle richieste della gente e del clero del luogo, continuarono a svolgersi.
Purtroppo, però, nel 1858, da parte dello stesso clero, fu ottenuto il permesso di spostare l’altare ed altre strutture interne e di riutilizzare i materiali per la costruzione di un’altra cappella, quella di Santa Ana de Naves. Fortunatamente gli addetti alla conservazione dei beni culturali della regione riuscirono ad ottenere che il complesso non fosse abbattuto ed anzi, all’epoca, ottennero anche il permesso della costruzione di un’altra cappella che fu poi revocato.